Длина костела 44 метра, ширина и высота – 20 метров. Строительство костела было начато в 1340г. (дата начала строительства высечена под потолком собора). И было прервано гуситскими войнами, так что освятил костел (почти через 100 лет) в 1439г. епископ Никлас из Пассау.

До 1585 г. вокруг костела располагалось городское кладбище, но когда разразилась эпидемия чумы, источник заразы был перенесен на другую сторону реки, по соседству с иезуитским садом и церковью Святого Мартина. До 1780 г. в костеле было множество разных по стилю алтарей, у каждого цеха ремесленников – свой: портных, сапожников, мясников, каменщиков, поваров и конечно пивоваров. Сейчас все алтари выполнены в стиле неоготики. Главный алтарь выполнен по образу и подобию римского алтаря Бернини, а фрески на нем сохранились еще с XV века.

Слева находится часовня Святого Яна Непомуцкого. У входа в часовню в стену вмуровано два надгробья из красного мрамора с бывшей усыпальницы Виллема Рожемберка, умершего в 1592 г. в возрасте 58 лет, и его третьей жены, Анны Марии Рожемберк, умершей в 1582 г. в возрасте 21 года.

Усыпальница была выполнена из красного мрамора, и украшена статуями – по заказу Петра Вока, и располагалась в самом центре собора, у главного алтаря. Когда Крумлов перешел Эггенберкам, в церкви стали возводить новый главный алтарь, а в 1783 г. усыпальницу вообще решили убрать.

При вскрытии мавзолея в нем обнаружили 4 гроба: Виллема Рожемберка и его жены, Марии Джоанны из голландской ветви Шварценбергов, и Франца-Иосифа, малолетнего сына Йозефа Адама Шварценберга. Все останки перенесли в часовню Яна Непомуцкого, металлические гробы Рожемберка и его жены были проданы на аукционе металлолома. Оставшиеся от мавзолея надгробные плиты были вмонтированы в стену часовни. Также в часовне замурованы урны с сердцами некоторых членов семьи Шварценбергов.